У НФаУ функціонує 11 факультетів: фармацевтичний-1, фармацевтичний-2 медико-фармацевтичний, промислової фармації, економіки і менеджменту іноземних студентів, заочної (дистанційної) форми навчання-1 і −2, підготовчий факультет для іноземних громадян, а також коледж НФаУ, Інститут підвищення кваліфікації спеціалістів фармації, Республіканська науково-методична (науково-дослідна) лабораторія з питань фармацевтичної освіти, Державна науково-дослідна лабораторія з контролю якості лікарських засобів, Центральна науково-дослідна лабораторія, Клініко-діагностичний центр. У складі НФаУ функціонує 51 кафедра.
Навчання здійснюється за спеціальностями: фармація, технологія парфумерно-косметичних засобів, технологія фармацевтичних препаратів, клінічна фармація, лабораторна діагностика, промислова біотехнологія, економіка підприємства, маркетинг, менеджмент організацій, Якість, стандартизація та сертифікація, педагогіка вищої школи, біотехнологія БАР, екобіотехнологія, адміністративний менеджмент.
Подготовка в аспірантурі здійснюється за спеціальностями:
* 14.03.05 «Фармакологія» (фармацевтичні, медичні, біологічні науки);
* 15.00.01 «Технологія ліків та організація фармацевтичної справи»;
* 15.00.02 «Фармацевтична хімія та фармакогнозія».
Підготовка в докторантурі здійснюється за спеціальностями:
* 14.03.05 «Фармакологія» (фармацевтичні, медичні, біологічні науки);
* 15.00.01 «Технологія ліків та організація фармацевтичної справи»;
* 15.00.02 «Фармацевтична хімія й фармакогнозія».

Адреса 61002, м. Харків, вул. Пушкінська, 53, тел.: 8 (057) 706-35-81, 706-30-68, 706-30-58